Hontanar se localiza en un valle rodeado de imponentes sierras, lo que le confiere una ubicación profunda y resguardada. Forma parte de la comarca de los Montes de Toledo y limita con los municipios de Navas de Estena, Horcajo de los Montes y Retuerta de Bullaque en la provincia de Ciudad Real, así como con Los Navalmorales, Navahermosa, Mensalbas, San Pablo de los Montes y Los Navalucillos en la provincia de Toledo.
El municipio está atravesado por los arroyos Pasadero y Cedena, que nacen en las montañas de Toledo y se unen en la antigua población de Malamoneda, manteniendo el nombre del último hasta desembocar en el río Tajo.
Además, hay otro arroyo conocido como Las Lanchas, que tiene su origen en las faldas de las sierras, en una zona llamada La Tejera. Sin embargo, durante los meses de verano se seca debido a que el agua que lo abastece proviene de una captación natural en la parte alta del arroyo, el Río Estena, que nace en el pie de la montaña más alta de los Montes de Toledo, el Rocigalgo. En la localidad hay varias fuentes o manantiales, como El Palancar y El Caño, en total 5, la mayoría de los cuales no se secan en verano. Son dignas de ser visitadas.
Entre Ciudad Real y Toledo se encuentra el destino Cabañeros que alberga la mejor representación a nivel nacional de bosque mediterráneo, el Parque Nacional de Cabañeros.